작년 최순실 사태 파문으로 이른바 ‘이화여대 정유라 학사 비리 의혹’이 드러날 당시 조기숙 교수는 240명의 이대 교수들이 동참한 시국선언에 합류했다. 2016년 11월 11일 이대 교수들은 박근혜 대통령의 즉각 퇴진, 국정 농단 관련자 엄벌, 대학교육 정책 전면 혁신을 요구했다.
조기숙 교수는 “나아가 이화여대의 입시 및 학사 비리 여부를 철저히 조사하고, 교육부 자체도 이와 관련된 의혹이 남지 않도록 조사를 받아야 한다”고 촉구했다.
그로부터 한 달 뒤 조기숙 교수는 한 방송에 나가 당시 개헌 논쟁과 관련 시스템을 넘어 ‘사람의 문제’를 지적하며 박근혜 대통령을 비판했다. 2016년 12월 27일 MBC ‘100분 토론’에 출연한 조 교수는 “사람에 따라 이유는 다르지만 개헌을 바라는 목소리가 크다. 왜 하필 지금이냐 생각해 봐야 한다”며 “박근혜 대통령의 문제는 사람이지 제도가 아니다”라고 말했다.
또한 “지금 국민은 굉장히 피곤하고 절박하다. 혹시 대통령 탄핵안이 기각될까 봐서다”라며 “그런데도 낡은 정치인들은 다른 목적에서 개헌에 사력을 다해 매달리고 있다. 이게 과연 촛불 민심을 받드는 것인지 묻고 싶다”고 지적했다.
그러면서 "폭력을 써서라도 일단 막고 보는 게 경호원의 정당방위 아닐까요"라면서 "한국 기자가 경호라인을 넘었던 것으로 진상이 밝혀진다면 한국언론은 대통령 경호 임무를 충실히 수행한 경호원을 칭찬해야 한다"고 덧붙였다.
이같은 사실이 알려지자 언론과 정치권에서는 비난 논평을 쏟아냈고, 이에 조기숙 교수는 물의를 일으켜 죄송하다고 사과하며 논란을 일축했다.
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